Henrique Araújo fez percurso nos Juvenis, Juniores, Sub-23 e na Equipa B, vencendo a UEFA Youth League em 2021/22. Nessa mesma época, estreou-se pela equipa principal das águias, na qual marcou 3 golos em 6 jogos.
Em 2022/23, o avançado totalizou 14 partidas e participou da campanha vitoriosa na Liga até janeiro, altura em que foi cedido ao Watford. Seguiram-se empréstimos ao Famalicão e ao Arouca até ao regresso ao Benfica, no verão de 2025.
Henrique Araújo tem internacionalizações por Portugal nos escalões Sub-18, Sub-19 e Sub-21.
